В дифференциальной диагностике апостематозного нефрита с РПП имеет значение комплексное инструментальное обследование (включая компьютерную рентгенотомографию, почечную рентгеноконтрастную ангиографию, лапароскопию с биопсией печени), выявление гемокультуры, бактериурии, лейкоцитарных цилиндров, локальных симптомов апостематозного нефрита (болезненность и напряжение мышц поясничной области и передней брюшной стенки).

Большие трудности вызывает дифференциальная диагностика алкогольного пиелонефрита, осложнившегося некротическим папиллитом, с туберкулезом почки (специфическим папиллитом). Последний может быть исключен лишь после повторных посевов мочи на микобактерии туберкулеза.

В разграничении апостематозного нефрита с подострым бактериальным эндокардитом, осложняющим алкоголизм, ведущую роль играет выявление поражения сердечных клапанов с помощью клинического наблюдения за динамикой АД и сердечных тонов и шумов; инструментальных методов (рентгенологических и эхокардиографии) обнаружение признаков васкулита (пурпура, узелки Ослера), высокой протеинурии, микрогематурии. Асимметрия размеров и функции почек при эндокардите, как правило, отсутствует, высокая бактериурия не характерна.

Диагностика бактериемического шока при алкоголизме затруднительна в связи с тем, что первая гипертермическая фаза шока часто бывает стертой и быстро переходит в шоковую фазу, когда исчезают типичные септические сдвиги - лихорадка, нейтрофильный лейкоцитоз, бактериемия. В связи с тем что бактериемический шок чаще осложняет пиелонефрит на фоне алкогольного цирроза печени, следует проводить дифференциальный диагноз с печеночной комой, гепаторенальным синдромом. Нередко приходится дифференцировать бактериемический шок с уремической комой при ОПН, так как при бактериемическом шоке наблюдается быстрое нарастание азотемии (преимущественно за счет мочевины), вызванное не истинной почечной недостаточностью, а проникновением мочи из чашечно-лоханочной системы в кровоток путем форникальных рефлюксов (так называемая ложная азотемия).